主要是恢復操作系統、文件系統層的數據。這種丟失主要是軟件邏輯故障、病毒木馬、誤操作等造成的數據丟失，物理介質沒有發生實質性的損壞，一般來說這種情況下是可以修復的，一些專用的數據恢復軟件都具備這種能力，如winhex，rstudio等。在所有的軟損壞中，系統服務區出錯屬于比較復雜的，因為即使同一廠家生產的同一型號硬盤，系統服務區也不一定相同，而且廠家一般不會公布自己產品的系統服務區內容和讀取的指令代碼。
當主引導記錄因為各種原因（硬盤壞道、病毒、誤操作等）被破壞后，一些或全部分區自然就會丟失不見了，根據數據信息特征，我們可以重新推算計算分區大小及位置，手工標注到分區信息表，“丟失”的分區回來了。
硬件故障
由于操作不當、意外掉電、使用時間過長等原因引起的磁盤失效、電源不穩等問題，而造成的數據丟失或無法恢復。
自然因素損壞
由于潮濕、風沙、雷電及意外事故（如電磁干擾、地震）等，也有可能導致數據丟失，當然，這一因素的可能性相對較小。
硬件故障數據恢復
硬件故障占所有數據意外故障一半以上，常有雷擊、高壓、高溫等造成的電路故障，高溫、振動碰撞等造成的機械故障，高溫、振動碰撞、存儲介質老化造成的物理壞磁道扇區故障，當然還有意外丟失損壞的固件BIOS信息等。
