醫(yī)院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。
其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點專科，變態(tài)反應科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點專科，中醫(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。
北京同仁醫(yī)院眼外傷專科成立于1968年，是國內(nèi)早成立的集臨床、科研、教學于一體的眼外傷?？?。北京同仁眼外傷專科技術(shù)力量雄厚，學科梯隊合理，擁有包括多位經(jīng)驗豐富、享有盛譽的專家和教授在內(nèi)的近20名副主任醫(yī)師以上職稱的高級專業(yè)人才。每月專家門診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術(shù)量達5000人次以上。
作為具有同仁特色的科室，眼外傷?？铺貏e注意與口腔頜面外科、神經(jīng)外科、鼻科等兄弟專科的合作，在交叉復合學科發(fā)展上在國內(nèi)獨樹一幟。眼外傷專科與耳鼻喉科成立了鼻眼相關中心，聯(lián)合開展了復合路徑下的眶壁骨折整復術(shù)、多重療法的視神經(jīng)管減壓術(shù)、合并鼻骨骨折的鼻淚道手術(shù)和眶-鼻竇異物取出、眶面復合創(chuàng)傷多學科多層次多斷面聯(lián)合;與神經(jīng)外科合作，率先開拓經(jīng)顱顯微視神經(jīng)管減壓開放術(shù)、眶顱異物取出術(shù)，大大提高了手術(shù)成功率。
北京同仁醫(yī)院眼科屈光手術(shù)中心在原衛(wèi)生部的批準和支持下，于1993年率先在國內(nèi)開展了近視眼、遠視眼、散光及弱視的成因及角膜屈光矯治手術(shù)。時至今日，已成為國內(nèi)每年完成屈光矯正類手術(shù)門診和手術(shù)總量多的屈光?？?，是國內(nèi)，具有國際影響力的屈光手術(shù)診療中心之一。
中心擁有一支實力雄厚的專業(yè)技術(shù)團隊，現(xiàn)有醫(yī)生8人，醫(yī)技9人，驗光師2人，護士1人。具有博士學歷人員5人、碩士學歷人員7人、本科學歷人員8人。其中教授和主任醫(yī)師3人，副教授和副主任醫(yī)師4人，主治醫(yī)師1人，副主任技師1人，主管技師9人。博士生導師1人，已培養(yǎng)博士研究生、碩士研究生100余人，進修醫(yī)生百余名。
為了大限度滿足患者門診、手術(shù)的需求，中心實行全年無限號門診，2017年門診量達6萬多人次，年手術(shù)量近1.5萬例。技術(shù)團隊多年來積累了大量的臨床手術(shù)及并發(fā)癥處理方面的經(jīng)驗。
