辦理預付款保函需要5到10個工作日。
《人民法院關于審理獨立保函糾紛案件若干問題的規定》 第十一條
獨立保函具有下列情形之一，當事人主張獨立保函權利義務終止的，人民法院應予支持：
（一）獨立保函載明的到期日或到期事件屆至，受益人未提交符合獨立保函要求的單據；
（二）獨立保函項下的應付款項已經全部支付；
（三）獨立保函的金額已減額至零；
（四）開立人收到受益人出具的免除獨立保函項下付款義務的文件；
（五）法律規定或者當事人約定終止的其他情形。獨立保函具有前款權利義務終止的情形，受益人以其持有獨立保函文本為由主張享有付款請求權的，人民法院不予支持。
如果保函中未曾寫明預付款保函的擔保金額，將隨保函歸還金額而相應減少，則很可能出現預付款已大部分償還，而保函額不減的局面，業主隨時可能全額沒收保函，而承包商卻不擁有全額預付款（因為很可能在業主沒收保函時，承包商已經償還了部分預付款）。
預付款保函的另一個風險是保函的生效時間先于承包商收到的預付款，承包商在不知情的前提下，業主已經沒收預付款保函而承包商未收到預付款。
還有一種可能的風險，就是預付款已經扣還完畢，而預付款保函沒有及時撤銷，讓業主有機可乘，留下沒收保函之機。
《中華人民共和國民法典》 第八百零七條 發包人未按照約定支付價款的，承包人可以催告發包人在合理期限內支付價款。發包人逾期不支付的，除根據建設工程的性質不宜折價、拍賣外，承包人可以與發包人協議將該工程折價，也可以請求人民法院將該工程依法拍賣。建設工程的價款就該工程折價或者拍賣的價款優先受償。
