曾學軍教授在多項首發基金連續十年支持下開展大型綜合醫院與社區醫療機構合作模式的研究。2005年始主持《社區中老年人健康管理規范》的制訂和推廣，成為國家公共衛生規范項目之一，并于2015年成為國家推薦標準。
在醫療實踐的同時，曾學軍教授致力于臨床醫學教育，任美國內科醫師學會（ACP）Fellow、美國醫學研究所（IOM）中國醫學教育代表。曾榮獲北京市高等教育改革二等獎、 “住院醫師心中好老師”、北京市師德先進個人、北京協和醫學院教學名師等榮譽，帶領普通內科獲得2015年北京協和醫學院教學團隊稱號。2019年2月入選十大社區健康促進首 席專家。
北京協和醫院風濕免疫科科室承擔或參與完成了數十項國家和部委的科研課題，主持和參與眾多國際、國內多中心臨床研究以及高質量單中心臨床研究，發表數百篇SCI收錄論文，主持制定多項風濕免疫病領域臨床診斷和指南，先后獲得12項國家及省部級獎勵，包括3項國家科技進步獎，出版學術專著多部。為開展具有管理科學、規范的、符合國際一 流水平的全國大規模多中心自身免疫病臨床研究奠定了堅實的基礎。
北京協和醫院風濕免疫科從建科時僅有3張病床的小科室發展到今天，協和風濕免疫科已擁有68張病床，年收治患者1500例次以上，年門診量逾12萬人次，不僅注重系統性紅斑狼瘡、干燥綜合征、類風濕關節炎、強直性脊柱炎等常見風濕性疾病的規范診治，更強調對少見風濕性疾病、風濕性疾病重要臟器損害以及風濕性疾病嚴重并發癥的綜合診治，追求更精 確的診斷、更細致的評估、更有效的治 療效果。
